Origine du nom
Cette voie doit sa dénomination au collège des Bons Enfants, fondé en 1208, en faveur de treize écoliers pauvres.
Histoire de la rue
Au XIIe siècle, cette voie était désignée sous le nom de chemin qui va à Clichy ou chemin de Clichy ; plus tard, on l'appela ruelle par où l'on va au collège des Bons Enfants et rue des Ecoliers (ou Escholiers) Saint-Honoré. La rue des Bons Enfants finissait autrefois à l'ancienne rue Baillif : cette partie a été supprimée par les agrandissements de la Banque de France.