Origine du nom
Voisinage de l'ancien château de Bercy qui appartenait à la famille Nicolaï.
Histoire de la rue
Précédemment partie de la rue de la Grange aux Merciers dans la partie A, et rue des Chemins Verts dans la partie B. La rue de la Grange aux Merciers allait anciennement jusqu'à la Seine ; le tronçon qui s'étendait entre le quai de Bercy et la rue Coriolis avait été absorbé par le chemin de fer de Lyon et par les anciens entrepôts de Bercy en 1877. Ce dernier tronçon (supprimé) a été dénommé cour Nicolaï par arrêté préfectoral du 17 décembre 1963. Elle est indiquée sur le plan de Roussel (1730). Elle faisait partie de la RN n° 47.
Ouverture de la rue
La partie de la rue Nicolaï comprise entre la rue des Meuniers et le fond de l'impasse a été formée par la Ville de Paris lors de l'ouverture de la rue de Wattignies (1866).